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在建工領域，很多工程項目都是政府投資或國有資本投資的，這類工程，到了結算階段，必須報送財政部門審計，但政府財政部門所進行的審計，只是一種行政程序上的監(jiān)督行為，相對而言，其在工程方面的專業(yè)性不足，有時候會與實際的工程造價相去甚遠。
在完工后，乙方會根據(jù)自己的情況下向甲方報送結算，有時候甚至會達成結算一些，而之后，很可能政府部門又會另外出具審計結論，二者往往有很大差別。那么，在實踐中，一個工程如果既有財政部門的審計結論，又有甲乙雙方的結算協(xié)議，該以哪個作為工程款結算依據(jù)呢？
以審計結論為依據(jù)的條件
根據(jù)相關法律規(guī)定，只有甲乙雙方在合同中明確約定了結算以審計結論作為依據(jù)的情況下，才能將審計結論作為解決工程款爭議的依據(jù)。工程結算與財評審計是兩個雖然有聯(lián)系但卻截然不同的概念。
工程結算是甲乙雙方的民事法律行為，是作為平等主體之間對工程造價進行審查、核對的過程。而財評審計是國家對建設單位的一種行政監(jiān)督，不影響甲乙雙方之間的合同與協(xié)議效力。
因此，在合同沒有明確約定的情況下，就算有審計結論，也應該以結算協(xié)議作為結算依據(jù)。
乙方如何推翻審計結論
有時候，合同中也確實會有以審計結論為結算依據(jù)這樣的約定，但審計結論往往不符合乙方的利益，那么，這種情況下，乙方要如何突破、推翻審計結論呢？一般來說，可以從以下幾個方面考慮。
第一，在審計結論出具之前催促甲方進行結算。
前文提到，裁判審計與工程款結算屬于不同性質(zhì)的法律關系范疇，不管是否進行審計，均不影響雙方已經(jīng)形成的對于工程款結算的效力，故只要雙方已經(jīng)辦理了結算，均應當以當事人的約定作為法院判決的依據(jù)。
第二，主張財評審計結論不真實、不合理
《中華人民共和國審計法實施條例（2010修訂）》第五十三條規(guī)定：“除本條例第五十二條規(guī)定的可以提請裁決的審計決定外，被審計單位對審計機關作出的其他審計決定不服的，可以依法申請行政復議或者提起行政訴訟。”
因此，就算雙方在合同中有約定，但如果乙方可以證明審計部門對工程項目已無法就當時施工現(xiàn)場實際情況實施審計并出具正式竣工決算審計報告，審計結論不真實、不合理，則約定的根據(jù)審計部門審計結論確定工程價款的約定在事實上已無法履行，乙方可以提出鑒定申請。
